摘要：【目的】 抗生素抗性细菌(ARB)和抗生素抗性基因(ARGs)的传播和扩散已成为全球公共卫生领域的一大挑战,其中因水环境具有流动性和广泛性,成为抗生素耐药性(AMR)传播的重要媒介,因此对其中细菌AMR 的检测显得尤为关键。文章旨在探讨水环境中细菌AMR 的检测方法,以期为未来的研究方向提供指导。 【方法】 文章介绍了包括基于传统培养的药敏试验法、基于聚合酶链式反应(PCR)的分子生物学、基于高通量测序的宏基因组学3 种检测水环境细菌AMR 的主流方法,并阐述了它们的优缺点。 还主要介绍了单分子纳米孔测序技术的原理与特点,综述了纳米孔测序技术凭借长读长优势在检测水环境细菌AMR 的应用进展及存在的问题。 【结果】 药敏试验法、分子生物学检测复杂水环境中的ARB 均存在一定的局限性,而宏基因组学可检测数百种ARGs,并能直接定位ARGs 宿主。 这其中使用纳米孔测序技术无需组装、分装便能直接得到ARGs 宿主、遗传位置等丰富的抗生素ARGs 组信息,但现主要面向生物量大的水环境样本,对饮用水等生物量少的水环境原位分析能力不足。 【结论】 可使用多种检测方法全面识别水环境中细菌AMR 的表型和基因型,需要发展水环境细菌富集和DNA 提取技术,这方便使用纳米孔测序对更多种类的环境进行抗生素抗性基因组深度识别。

关键词：纳米孔测序技术；水环境；细菌抗生素耐药性；药敏试验；分子生物学；宏基因组学

基金资助：国家自然科学基金面上项目(52370013)

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